L'anoscopia (che permette di osservare l'ano) e la rettoscopia (per le mucose del retto) si fanno senza anestesia, con uso di strumenti monouso di solito di plastica trasparente, con illuminazione tramite un canale laterale, rigidi. La Rettosigmoidoscopia non richiede una preparazione troppo disagevole, si fa con uno strumento flessibile e a volte senza sedazione e senza anestesia consente di visualizzare tutto il retto e una parte o la totalità del sigma. La colonscopia richiede preferibilmente sedazione-analgesia e talvolta va prudentemente eseguita in anestesia; può essere parziale o completa, e comportare o meno l'esame dell'ultimo tratto dell'ileo, ma certamente prevede una adeguata preparazione e pulizia dell'intestino, e di visualizzare tutto il colon colon e il retto.

L'endoscopia 'alta' ovvero del tubo digerente superiore (esofagogastroduodenoscopia dell'esofago, dello stomaco e del duodeno) e quella del tubo digerente inferiore (colonscopia dell'intestino crasso), permettono di individuare eventuali infiammazioni, polipi, tumori, diverticoli, ulcere e altre lesioni. Si pratica di solito un'anestesia orofaringea (locale), ma a volte è indicata ed opportuna una sedazione - analgesia, e in casi meno frequenti una vera anestesia generale.

Tramite laparoscopia si esplora la membrana che riveste la cavità addominale, la superficie del fegato, la cistifellea ed è effettuata in anestesia generale. Tramite toracoscopia si esplora la cavità toracica, con particolare riguardo alla pleura, ai polmoni, all'esofago, al mediastino ed al diaframma.

Tutte le procedure endoscopiche relative all'apparato digerente sopra - accennate si sono ampiamente evolute negli ultimi 30 anni, risultano in continua evoluzione tecnologica, e consentono oggi sia procedure invasive parachirurgiche sia veri e propri interventi che si avvalgono sempre più spesso anche di tecnologie robotiche (chirurgia robotica per via laparoscopica).